Meilleur logiciel Facturation Agréé Multi-segments

Découvrez notre classement des meilleurs logiciels de facturation électronique pour entreprises multi-activités. Gestion centralisée et multi-entités.

Vous gérez plusieurs activités, sociétés ou filiales ? On a testé et comparé 10 solutions agréées PA/PDP capables de centraliser la facturation de structures multi-entités tout en respectant les obligations de chaque société.

Ilan Lemos
Ilan Lemos·Expert Logiciel de Gestion
5 février 2026
2 min
Méthodologie

Pourquoi ce comparatif multi-segments ?

Vous dirigez un groupe de sociétés, une holding, ou une entreprise avec plusieurs activités distinctes ? La réforme de la facturation électronique 2026 complexifie votre gestion : chaque entité juridique doit être conforme, avec ses propres obligations TVA et son propre numéro SIREN.

Le défi est de taille : comment centraliser la gestion tout en respectant l'autonomie comptable de chaque structure ? Comment éviter les doubles saisies et obtenir une vision consolidée de vos données financières ?

Nous avons testé 10 solutions capables de gérer cette complexité, en évaluant leur capacité à piloter plusieurs entités depuis une interface unique tout en garantissant la conformité de chacune.

Notre méthodologie

1

Test de chaque solution avec minimum 3 entités juridiques distinctes

2

Évaluation de la gestion multi-SIREN et multi-numéros de TVA

3

Analyse des workflows inter-sociétés (facturation intra-groupe)

4

Vérification du statut PA/PDP sur le registre officiel de la DGFIP

5

Test de la consolidation des données et des tableaux de bord groupe

6

Évaluation des droits d'accès par entité et par utilisateur

Ce classement est établi en toute indépendance. Nous ne percevons aucune commission sur les ventes. Les éditeurs ne peuvent pas payer pour améliorer leur position.

Notre classement

🥇 Top 01
Sellsy

Sellsy

3.8/5

Sellsy est une suite CRM et facturation française tout-en-un, avec applications mobiles et API REST. Plébiscitée par 23 000+ clients, elle centralise ventes, devis/factures et trésorerie pour accélérer la croissance des PME.

Points forts

  • Suite CRM + facturation native, conforme RGPD et hébergée en France

  • API REST v2 et intégrations, modules complémentaires (trésorerie)

  • Applications mobiles iOS et Android pour les équipes terrain

Inconvénients

  • Tarifs qui augmentent selon les modules et le nombre d'utilisateurs

  • Interface dense avec une courbe d'apprentissage pour les nouveaux utilisateurs

  • Offres et options multiples pouvant complexifier le choix

Prix

À partir de 29€/utilisateur/mois

Utilisateurs

2 utilisateurs minimum

Essai gratuit

14 jours

Support

Chat & Email

🥈 Top 02
Cegid

Cegid

3.6/5

Cegid est un éditeur français de référence depuis 1983 : une suite cloud modulable pour piloter ERP, comptabilité et RH, accélérer la conformité (DSN, fiscalité) et unifier vos processus de gestion.

Points forts

  • Suite cloud ERP, comptabilité et RH modulable

  • Expertise métiers et secteurs (compta, paie, retail)

  • APIs et intégrations pour connecter l’écosystème

Inconvénients

  • Tarifs élevés et complexes

  • Implémentation longue

  • Interface à moderniser

Prix

À partir de 14.90€ HT/mois

Utilisateurs

SaaS ou licence par utilisateur

Essai gratuit

14 jours

Support

Chat & Email

🥉 Top 03
Sage 100

Sage 100

4.0/5

Sage 100 : ERP modulaire pour PME alliant Comptabilité, Gestion commerciale, Facturation et Paie, conforme aux obligations françaises et pensé pour la croissance.

Points forts

  • Suite modulaire PME éprouvée (Compta, Gestion co, Paie)

  • Conformité française (FEC, DSN) et support local

  • Intégration poussée avec processus métiers

Inconvénients

  • Interface datée par rapport aux ERP cloud récents

  • Coût total élevé sur déploiements complets

  • Paramétrage et maintenance nécessitant expertise

Prix

À partir de 78€/mois HT (hébergé)

Utilisateurs

Par module utilisateur

Essai gratuit

14 jours

Support

Chat & Email

Autres alternatives à considérer

💡 Alternative
Oracle NetSuite

Oracle NetSuite

Oracle NetSuite est un ERP cloud complet (finance, CRM, e‑commerce) avec IA, adopté par 43 000+ entreprises dans 200+ pays pour piloter la croissance et automatiser les processus.

Prix:

À partir de €1088/mois (10 util. min.)

Suite ERP cloud intégrée (finance, CRM, e‑commerce) et automatisation IA

Scalable et international (43 000+ clients, 200+ pays)

💡 Alternative
Microsoft Dynamics

Microsoft Dynamics

Microsoft Dynamics 365 unifie CRM et ERP dans le cloud pour accélérer ventes, finance et service avec Microsoft 365 et l’IA.

Prix:

Dès 69.44 €/util./mois

Intégration native à Microsoft 365 (Outlook, Teams, Power BI)

Suite CRM + ERP modulaire et hautement personnalisable

💡 Alternative
Divalto Infinity

Divalto Infinity

Divalto Infinity est une solution ERP complète conçue pour les PME et ETI, offrant gestion commerciale, comptabilité et pilotage d'entreprise intégrés pour optimiser votre performance globale.

Prix:

À partir de 70€/utilisateur/mois

Solution ERP complète : Gestion intégrée de tous les processus métier (commercial, comptable, production) dans une interface unique

Conçu pour les PME/ETI : Écosystème adapté aux besoins spécifiques des entreprises de taille intermédiaire

💡 Alternative
Pennylane

Pennylane

Pennylane est le logiciel de comptabilité français tout-en-un: facturation électronique, synchronisations bancaires, compte pro et cartes, pilotage de trésorerie en temps réel, collaboration native avec votre expert-comptable.

Prix:

14€ - 79€/mois HT

Pilotage de trésorerie en temps réel

Synchronisations bancaires et paiements intégrés

💡 Alternative
iPaidThat

iPaidThat

iPaidThat automatise la précomptabilité des TPE/PME avec OCR des factures, synchronisation bancaire et facturation intégrée pour gagner du temps et réduire les erreurs.

Prix:

Dès 59€/mois

Automatisation de la collecte et du traitement des factures

OCR performant et nombreux connecteurs bancaires

💡 Alternative
Odoo

Odoo

Odoo est une suite ERP modulaire tout‑en‑un pour piloter ventes, comptabilité, stocks et projets, avec plus de 30 applications intégrées. Solution open source flexible qui s'adapte à tous les secteurs d'activité.

Prix:

Gratuit (Standard: 13,50€/util./mois)

Suite ERP tout‑en‑un (ventes, compta, achats, stock) avec workflows intégrés

Modulaire et extensible (apps officielles et milliers de modules)

💡 Alternative
Axonaut

Axonaut

Axonaut est un logiciel de gestion tout-en-un français pour TPE et PME qui centralise CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface intuitive et accessible.

Prix:

À partir de 34,99 € HT/mois

Solution 100% française tout-en-un : CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface intuitive et accessible

320 000 utilisateurs et croissance rapide : adoptée par plus de 12 000 entreprises françaises

Comparaison détaillée

LogicielPrixUsersFactu.FRMobileAPI
Sellsy
Sellsy
3.8
29€/utilisateur/mois2 utilisateurs minimum
Cegid
Cegid
3.6
14.90€ HT/moisSaaS ou licence par utilisateur
Sage 100
Sage 100
4.0
78€/mois HT (hébergé)Par module utilisateur
Oracle NetSuite
Oracle NetSuite
4.1
€1088/mois (10 util. min.)Base + par utilisateur
Microsoft Dynamics
Microsoft Dynamics
1.5
Dès 69.44 €/util./moisPar application et utilisateur
Divalto Infinity
Divalto Infinity
3.6
70€/utilisateur/mois85000+ utilisateurs
Pennylane
Pennylane
4.6
14€ - 79€/mois HTPar entreprise
iPaidThat
iPaidThat
4.0
Dès 59€/moisPar entreprise (utilisateurs inclus)
Odoo
Odoo
3.6
Gratuit (Standard: 13,50€/util./mois)5 500 000+ utilisateurs dans le monde
Axonaut
Axonaut
4.6
34,99 € HT/mois1 inclus (+29,99 €/user)

Comment choisir ?

La gestion multi-sociétés nécessite des fonctionnalités spécifiques. Voici les critères à prioriser.

Critères essentiels multi-segments

  • Gestion multi-SIREN avec paramétrage TVA distinct par entité
  • Facturation inter-sociétés automatisée (une vente génère un achat)
  • Tableaux de bord consolidés avec vision groupe
  • Gestion des droits d'accès granulaire par société
  • Plan comptable et axes analytiques personnalisables par entité

Points d'attention

  • Vérifiez le modèle tarifaire : par société, par utilisateur ou forfait groupe
  • Attention aux solutions qui limitent le nombre d'entités
  • Méfiez-vous des fausses solutions multi-sociétés (simple duplication)
  • Vérifiez la gestion des devises si vous avez des entités internationales

Notre conseil

Pour une structure multi-entités, le critère clé est la vraie gestion multi-sociétés (pas une simple duplication de comptes). Testez spécifiquement la facturation inter-sociétés : quand une filiale facture la holding, le système doit automatiquement générer l'écriture d'achat côté holding. C'est le test ultime d'une vraie solution groupe.

Questions
fréquentes

Retrouvez ici les réponses aux questions les plus fréquentes.

Sources

Dernière vérification : 05/02/2026