Logiciel Facturation Certifié
Comparatif des meilleurs logiciels de facturation certifiés conformes à la réglementation française. Analyses détaillées des fonctionnalités, tarifs et certifications pour choisir la solution adaptée à votre activité. Simplifiez votre gestion comptable tout en respectant les obligations légales de votre entreprise.
Notre verdict en 30 secondes
Notre analyse de 10 logiciels de facturation certifiés révèle un équilibre déterminant entre conformité (piste d’audit, inaltérabilité), richesse fonctionnelle et rapport qualité/prix. Axonaut et Pennylane se distinguent en tête, tandis que Sage 100 complète le podium avec une couverture avancée adaptée aux PME structurées et des intégrations SI solides.
Classement
Logiciel Facturation Certifié
Axonaut
Axonaut est un logiciel de gestion tout-en-un français pour TPE et PME qui centralise CRM, facturation, comptabilité et gestion de projets dans une interface intuitive et accessible.
Points forts
- Solution 100% française tout-en-un : CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface intuitive et accessibles
- 32 000 utilisateurs et croissance rapide : adoptée par plus de 12 000 entreprises françaises
- Application mobile complète (iOS et Android) avec API pour intégrations avancées + MCP pour la connexion avec les LLMs
Incovénients
- Trop complet pour les micro-entreprises qui n'ont besoin que d'un seul module de gestion
- Fonctionnalités limitées pour les ETI et grands comptes nécessitant un ERP avancé
- Intégrations tierces moins nombreuses que les leaders internationaux du marché
Pennylane
Pennylane est le logiciel de comptabilité français tout‑en‑un: facturation électronique, synchronisations bancaires, compte pro et cartes, pilotage de trésorerie en temps réel, collaboration native avec votre expert‑comptable.
Points forts
- Pilotage de trésorerie en temps réel
- Synchronisations bancaires et paiements intégrés
- Compte pro et cartes inclus pour centraliser les dépenses
Incovénients
- Automatisations avancées limitées sur le plan Basique
- Tarifs qui montent avec la taille (jusqu’à 199€/mois pour 6–15 salariés)
Sage 100
Sage 100 : ERP modulaire pour PME alliant Comptabilité, Gestion commerciale, Facturation et Paie, conforme aux obligations françaises et pensé pour la croissance.
Points forts
- Suite modulaire PME éprouvée (Compta, Gestion co, Paie)
- Conformité française (FEC, DSN) et support local
- Intégration poussée avec processus métiers
Incovénients
- Interface datée par rapport aux ERP cloud récents
- Coût total élevé sur déploiements complets
- Paramétrage et maintenance nécessitant expertise
Kolirys
Points forts
- Interface 100% française : Solution entièrement adaptée au contexte juridique et fiscal français pour toutes les formes d'entreprises
- Facturation simplifiée : Transformation des devis en factures en un clic avec calcul automatique des délais de paiement
- Synchronisation bancaire : Réconciliation automatique des paiements et suivi de trésorerie en temps réel
Incovénients
- Fonctionnalités CRM limitées : Moins adapté pour les entreprises nécessitant une gestion commerciale avancée
- Personnalisation restreinte : Options de customisation des documents moins étendues que certains concurrents
- Intégrations tierces : Écosystème d'applications partenaires plus restreint
Qonto
Points forts
- Interface et support en français - Conçu pour le marché français, conformité locale
- Facturation et comptabilité intégrées - Devis/factures, rapprochement automatique, export vers Sage, Cegid, Pennylane
- Multi-utilisateurs et contrôle des dépenses - Droits granulaires, cartes par collaborateur, suivi en temps réel
Incovénients
- Tarifs des plans supérieurs - Coût mensuel pouvant peser pour les petites structures
- Fonctionnalités avancées en option - Certains modules (factures clients, fournisseurs) sont payants
- Pas de dépôt d'espèces - Moyens pris en charge : virements, cartes, chèques par envoi postal
Henrri
Henrri est le logiciel de facturation gratuit à vie du groupe Rivalis : factures, devis et utilisateurs illimités, sans publicité, prêt pour la facturation électronique.
Points forts
- Factures, devis et utilisateurs illimités en version gratuite
- Conforme anti‑fraude TVA et prête pour la facturation électronique 2026
- Interface et support 100% français
Incovénients
- Pas d’application mobile complète (iOS "Henrri Pay" pour encaissement uniquement; pas d’app Android)
- API privée, pas d’intégrations publiques (Zapier, webhooks)
- Fonctionnalités avancées et e‑facture disponibles dans des offres payantes
Facture.net
Points forts
- Gratuit à vie, devis et factures illimités
- CRM intégré pour contacts et opportunités
- Paiement en ligne et conformité anti-fraude TVA
Incovénients
- Pas d’application mobile iOS/Android dédiée
- Pas d’API publique documentée
- Fonctionnalités avancées limitées vs solutions payantes
Zervant
Zervant est un logiciel de facturation pour freelances et petites entreprises, avec plan gratuit (5 clients/5 factures/mois), e‑factures et envoi postal selon quotas, et applications mobiles iOS/Android.
Points forts
- Plan gratuit: 5 clients et 5 factures/mois
- Applications mobiles iOS et Android
- E‑facture et envoi postal inclus selon quotas
Incovénients
- Gratuit limité (5 clients, 5 factures/mois)
- Envois premium contingentés par plan
- Frais sur paiements en ligne et virements
Indy
Indy est un logiciel français de comptabilité et de facturation pour indépendants, avec plan gratuit, synchronisation bancaire automatique et compte pro intégré.
Points forts
- Plan gratuit disponible
- Synchronisation bancaire automatique
- Compte pro gratuit intégré
Incovénients
- Fonctionnalités avancées payantes
- Conçu surtout pour indépendants
- Pas de service comptable humain intégré
Sellsy
Points forts
- Suite CRM + facturation native, conforme RGPD et hébergée en France
- API REST v2 et intégrations, modules complémentaires (trésorerie)
- Applications mobiles iOS et Android pour les équipes terrain
Incovénients
- Tarifs qui augmentent selon les modules et le nombre d'utilisateurs
- Interface dense avec une courbe d'apprentissage pour les nouveaux utilisateurs
- Offres et options multiples pouvant complexifier le choix
Evoliz
Evoliz est un logiciel de facturation français tout-en-un pour PME, avec CRM, stocks et comptabilité intégrés.
Points forts
- Certifié NF 203 et NF 525 (conformité fiscale)
- Facturation, banque, stocks et CRM intégrés
- Support client illimité et gratuit
Incovénients
- Fonctionnalités avancées réservées aux plans supérieurs
- Interface moins moderne que certains concurrents
- Peu de modules métiers spécialisés
Ciel
Ciel (Sage) simplifie la comptabilité, la facturation et la gestion commerciale des TPE‑PME en France, avec support local et conformité légale.
Points forts
- Marque Sage (Ciel) historique en France depuis 1986
- Comptabilité et facturation complètes pour TPE‑PME
- Support client et ressources en français
Incovénients
- Interface vieillissante
- Pas d'application mobile native
- Fonctionnalités cloud limitées
JLogiciels
JLogiciels est un éditeur français (depuis 2005) de solutions de gestion modulaires en SaaS : facturation, devis, caisse, stock et CRM pour TPE/PME et artisans.
Points forts
- Solutions sectorielles spécialisées
- 20+ ans d'expérience métier
- Personnalisation avancée
Incovénients
- Tarifs sur devis uniquement
- Moins connu que concurrents
- Interface à moderniser
MY.Facturation
MY.Facturation simplifie la facturation en ligne : devis, factures et clients en quelques clics, version gratuite et multi-utilisateurs sans surcoût.
Points forts
- Interface simple et claire
- Tarifs abordables TPE
- Fonctionnalités essentielles
Incovénients
- Fonctionnalités limitées
- Pas de CRM avancé
- Solution basique
Cegid
Cegid est un éditeur français de référence depuis 1983 : une suite cloud modulable pour piloter ERP, comptabilité et RH, accélérer la conformité (DSN, fiscalité) et unifier vos processus de gestion.
Points forts
- Suite cloud ERP, comptabilité et RH modulable
- Expertise métiers et secteurs (compta, paie, retail)
- APIs et intégrations pour connecter l’écosystème
Incovénients
- Tarifs élevés et complexes
- Implémentation longue
- Interface à moderniser
Comparaison détaillée
Axonaut 🏆
Kolirys
Qonto
Cegid
JLogiciels
MY.Facturation
Ciel
Evoliz
Sellsy
Indy
Zervant
Henrri
Facture.net
Sage Business Cloud Compta & Facturation
Questions
fréquentes
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En 2025, le coût d’un logiciel de facturation certifié dépend surtout du périmètre fonctionnel (devis/avoirs, relances, stock, API), du nombre d’utilisateurs et du niveau d’accompagnement. Concrètement, on trouve des offres gratuites pour démarrer, des formules d’entrée de gamme accessibles aux petites structures, puis des plans plus complets pour les PME avec des exigences avancées ou une préparation à la facturation électronique.
Repères utiles
- Gratuit: pertinent pour micro‑entreprises, mais fonctions limitées et conformité parfois restreinte.
- Entrée/milieu de gamme: idéal pour TPE/PME cherchant un logiciel de facturation certifié simple, automatisations clés et relances.
- Haut de gamme: ajout de modules (multi‑utilisateurs, gestion de stock, comptabilité connectée), API et support prioritaire.
À vérifier avant de choisir
- Preuve de conformité: attestation éditeur ou certificat d’un organisme accrédité, piste d’audit fiable, verrouillage des écritures.
- Périmètre réel vs besoins: ne payer que les modules utiles aujourd’hui, avec possibilité d’évoluer demain.
- Préparation e‑invoicing: export/archivage, intégrations et rôles utilisateurs.
Exemple bref: une TPE de services adopte un logiciel de facturation certifié tout‑en‑un pour centraliser devis, factures et relances; elle réduit le temps administratif hebdomadaire tout en sécurisant sa conformité.
Pour la majorité des TPE/PME en 2025, le meilleur logiciel de facturation certifié est celui qui équilibre conformité, simplicité au quotidien et intégrations. Sur ces critères, Axonaut arrive en tête pour son approche tout‑en‑un claire et efficace. Pennylane s’impose comme excellente alternative quand la comptabilité connectée et la synchronisation bancaire priment. Sage 100 complète le podium pour des organisations plus structurées avec des besoins avancés.
Pourquoi ce trio ressort
- Axonaut: mise en route rapide, facturation certifiée, devis/avoirs, relances, et modules de gestion pour gagner du temps.
- Pennylane: workflows fluides entre facturation et tenue comptable, visibilité financière en temps réel.
- Sage 100: profondeur fonctionnelle et intégrations SI pour processus exigeants.
Conseil: commencez par clarifier vos priorités (simples factures/relances, pilotage comptable, intégrations ERP/CRM) puis testez chaque solution avec vos cas concrets. Exemple bref: une agence B2B choisit Axonaut pour centraliser la facturation et réduire les erreurs; un cabinet axé pilotage opte pour Pennylane; une PME industrielle privilégie Sage 100 pour sa couverture avancée.
Un logiciel de facturation certifié est une solution qui respecte la loi anti‑fraude à la TVA: inaltérabilité des écritures, sécurisation, conservation et traçabilité complètes. La conformité se démontre par une attestation individuelle de l’éditeur ou par une certification délivrée par un organisme accrédité; il ne s’agit pas d’une certification officielle de l’État. L’enjeu est double: limiter le risque fiscal et fiabiliser la chaîne de facturation.
Pourquoi c’est important
- Conformité et contrôle: piste d’audit fiable, horodatage, verrouillage des modifications et archivage.
- Réduction des risques: en cas de contrôle, l’absence de conformité peut entraîner une amende significative et une mise en demeure de correction.
- Efficacité opérationnelle: automatisations, relances, intégrations bancaires/comptables et préparation à la facturation électronique.
Bon réflexe: exiger la preuve de conformité (attestation ou certificat), tester la piste d’audit et vérifier les exports/archivage. Exemple bref: lors d’un audit, une PME présente l’attestation et l’historique des factures; la traçabilité clôt le contrôle sans remise en cause.
















