Logiciel Comptabilité Auto Entrepreneur
Auto-entrepreneur, vous cherchez un logiciel simple pour gérer vos devis, factures et suivre votre chiffre d'affaires sans vous perdre dans la comptabilité ? Bonne nouvelle : le régime micro-entreprise bénéficie d'obligations allégées et des solutions gratuites ou très accessibles existent. Notre analyse de 35 logiciels vous guide vers l'outil adapté à votre activité et votre budget.
Notre verdict en 30 secondes
Notre analyse de 35 logiciels comptabilité auto-entrepreneur révèle des solutions pour tous les budgets et niveaux d'exigence. Axonaut se distingue par son approche tout-en-un évolutive idéale pour grandir sereinement. Indy impressionne par sa spécialisation auto-entrepreneurs avec synchronisation bancaire et accompagnement intégré, tandis qu'Henrri complète le podium comme référence gratuite pour facturer sans frais.
Classement
Logiciel Comptabilité Auto Entrepreneur
Axonaut
🏆 Plateforme Agréée FE2026
Axonaut est un logiciel de gestion tout-en-un français pour TPE et PME qui centralise CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface intuitive et accessible.
Points forts
- Solution 100% française tout-en-un : CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface intuitive et accessibles
- 320 000 utilisateurs et croissance rapide : adoptée par plus de 12 000 entreprises françaises
- Application mobile complète (iOS et Android) avec API pour intégrations avancées + MCP pour la connexion avec les LLMs
Incovénients
- Trop complet pour les micro-entreprises qui n'ont besoin que d'un seul module de gestion
- Fonctionnalités limitées pour les ETI et grands comptes nécessitant un ERP avancé
- Intégrations tierces moins nombreuses que les leaders internationaux du marché
Indy
🏆 Plateforme Agréée FE2026
Indy est un logiciel français de comptabilité et de facturation pour indépendants, avec plan gratuit, synchronisation bancaire automatique et compte pro intégré.
Points forts
- Plan gratuit disponible
- Synchronisation bancaire automatique
- Compte pro gratuit intégré
Incovénients
- Fonctionnalités avancées payantes
- Conçu surtout pour indépendants
- Pas de service comptable humain intégré
Henrri
🏆 Plateforme Agréée FE2026
Henrri est le logiciel de facturation gratuit à vie du groupe Rivalis : factures, devis et utilisateurs illimités, sans publicité, prêt pour la facturation électronique.
Points forts
- Factures, devis et utilisateurs illimités en version gratuite
- Conforme anti‑fraude TVA et prête pour la facturation électronique 2026
- Interface et support 100% français
Incovénients
- Pas d’application mobile complète (iOS "Henrri Pay" pour encaissement uniquement; pas d’app Android)
- API privée, pas d’intégrations publiques (Zapier, webhooks)
- Fonctionnalités avancées et e‑facture disponibles dans des offres payantes
Sinao
Sinao est un logiciel français de comptabilité et de facturation qui automatise la saisie, permet de créer des devis et des factures électroniques conformes, avec export FEC et partage fluide avec votre expert-comptable.
Points forts
- Simplicité d'utilisation : interface intuitive, devis et factures en quelques minutes
- Automatisation comptable : saisie automatique et transfert en un clic vers votre comptable
- Conformité et obligations : export FEC et factures électroniques conformes
Incovénients
- Fonctionnalités limitées version gratuite : L'offre Free ne permet que la création de devis et factures basiques
- Tarifs progressifs : Les fonctionnalités avancées nécessitent un abonnement payant à partir de 12€/mois (en abonnement annuel)
- Spécialisé PME/TPE : Moins adapté aux grandes entreprises avec besoins comptables complexes
Kolirys
Points forts
- Interface 100% française : Solution entièrement adaptée au contexte juridique et fiscal français pour toutes les formes d'entreprises
- Facturation simplifiée : Transformation des devis en factures en un clic avec calcul automatique des délais de paiement
- Synchronisation bancaire : Réconciliation automatique des paiements et suivi de trésorerie en temps réel
Incovénients
- Fonctionnalités CRM limitées : Moins adapté pour les entreprises nécessitant une gestion commerciale avancée
- Personnalisation restreinte : Options de customisation des documents moins étendues que certains concurrents
- Intégrations tierces : Écosystème d'applications partenaires plus restreint
Noalyss
Noalyss est un logiciel de comptabilité open source gratuit pour PME, associations et indépendants, avec facturation, TVA, multi-sociétés et multi-utilisateurs. Fiable et professionnel, anciennement PhpCompta.
Points forts
- Entièrement gratuit : Solution open source sans coûts cachés ni abonnements
- Complet et professionnel : Toutes les fonctionnalités comptables essentielles intégrées
- Multi-utilisateurs : Gestion simultanée de plusieurs sociétés et utilisateurs
Incovénients
- Installation technique : Nécessite des compétences informatiques pour l'installation et configuration
- Interface austère : Design fonctionnel mais moins moderne que les solutions SaaS
- Support limité : Pas de support commercial dédié, uniquement communautaire
Swapn Compta
Points forts
- Expertise comptable certifiée : Cabinet inscrit à l'Ordre des Experts-Comptables avec accompagnement personnalisé et suivi professionnel de votre activité BNC
- Intégration Tiime complète : Application Tiime incluse pour le suivi en temps réel de votre comptabilité et gestion administrative simplifiée
- Tarification transparente : Formule tout inclus à 29€ HT/mois sans engagement avec télétransmission TVA et synchronisation bancaire
Incovénients
- Bilan et liasse en supplément : À partir de 199€ HT/an en plus de l'abonnement
- Outils Tiime facturés séparément : 17,99€ HT/mois après période offerte
- Pas d'API publique : Intégrations limitées hors écosystème Tiime
Qonto
Points forts
- Interface et support en français - Conçu pour le marché français, conformité locale
- Facturation et comptabilité intégrées - Devis/factures, rapprochement automatique, export vers Sage, Cegid, Pennylane
- Multi-utilisateurs et contrôle des dépenses - Droits granulaires, cartes par collaborateur, suivi en temps réel
Incovénients
- Tarifs des plans supérieurs - Coût mensuel pouvant peser pour les petites structures
- Fonctionnalités avancées en option - Certains modules (factures clients, fournisseurs) sont payants
- Pas de dépôt d'espèces - Moyens pris en charge : virements, cartes, chèques par envoi postal
DailyBiz
DailyBiz est un logiciel de gestion tout-en-un pour TPE et PME : CRM, devis & facturation, gestion commerciale et comptabilité, accessible en ligne.
Points forts
- Solution tout-en-un intégrant CRM, comptabilité et gestion commerciale
- Interface entièrement française adaptée aux TPE et PME
- Optimisation de la prospection commerciale et relation client
Incovénients
- Tarification élevée par rapport à certains concurrents
- Fonctionnalités avancées nécessitent une formation initiale
- Personnalisation limitée pour les besoins très spécifiques
EBP
EBP est l’éditeur français de référence (depuis 1984) pour la comptabilité, la gestion commerciale et la facturation des TPE/PME, avec support local et écosystème d’intégrations.
Points forts
- Éditeur français depuis 1984
- Suite complète pour TPE/PME
- Support et écosystème locaux
Incovénients
- Interface parfois complexe
- Prix élevés certains modules
- Modernisation en cours
OpenConcerto
OpenConcerto est un ERP open source gratuit en français, avec comptabilité, facturation et point de vente intégrés.
Points forts
- Open source gratuit: coûts maîtrisés et contrôle des données
- Comptabilité, facturation et point de vente intégrés
- Multi‑plateforme et multi‑sociétés
Incovénients
- Interface et design datés
- Peu d’intégrations, pas d’API officielle
- CRM limité en fonctionnalités
FreshBooks
Points forts
- Interface très simple et intuitive
- Suivi du temps et facturation automatisés
- Intégrations et synchronisation bancaires solides
Incovénients
- Interface en français indisponible (factures multilingues uniquement)
- Pas d’édition des déclarations fiscales locales
- Fonctionnalités avancées réservées aux plans supérieurs
Sage Business Cloud Compta & Facturation
Sage Business Cloud Compta & Facturation : comptabilité et facturation en ligne pour TPE, synchronisation bancaire, conformité française (TVA, FEC) et application mobile.
Points forts
- 100% cloud, accessible partout
- Synchronisation bancaire et rapprochement automatisés
- Conformité française (TVA, FEC) et support FR
Incovénients
- Facturation moins avancée que certains concurrents
- Tarifs et options pouvant augmenter selon besoins
- Moins de profondeur fonctionnelle qu’un ERP
iTool
Points forts
- Tarifs clairs et accessibles
- Liasse fiscale intégrée
- Filiale du groupe EBP reconnu
Incovénients
- Automatisation limitée entre modules
- Nécessite connaissances comptables
- Interface moins moderne que concurrents
Odoo
Odoo est une suite ERP modulaire tout‑en‑un pour piloter ventes, comptabilité, stocks et projets, avec plus de 30 applications intégrées.
Points forts
- Suite ERP tout‑en‑un (ventes, compta, achats, stock) avec workflows intégrés
- Modulaire et extensible (apps officielles et milliers de modules)
- Synchronisation bancaire et facturation intégrées pour accélérer le cash
Incovénients
- Implémentation et personnalisation peuvent nécessiter un intégrateur (coûts/temps)
- Fonctionnalités avancées et support éditeur réservés à l’édition Enterprise
- Courbe d’apprentissage pour les équipes non techniques
Facture.net
Points forts
- Gratuit à vie, devis et factures illimités
- CRM intégré pour contacts et opportunités
- Paiement en ligne et conformité anti-fraude TVA
Incovénients
- Pas d’application mobile iOS/Android dédiée
- Pas d’API publique documentée
- Fonctionnalités avancées limitées vs solutions payantes
Dolibarr
Dolibarr est un ERP/CRM open source français, gratuit, avec 50+ modules pour centraliser ventes, facturation et gestion des PME.
Points forts
- Complètement gratuit open source
- 50+ modules disponibles
- ERP + CRM combinés
Incovénients
- Interface complexe débutants
- Support limité version gratuite
- Courbe d'apprentissage difficile
Pennylane
Pennylane est le logiciel de comptabilité français tout‑en‑un: facturation électronique, synchronisations bancaires, compte pro et cartes, pilotage de trésorerie en temps réel, collaboration native avec votre expert‑comptable.
Points forts
- Pilotage de trésorerie en temps réel
- Synchronisations bancaires et paiements intégrés
- Compte pro et cartes inclus pour centraliser les dépenses
Incovénients
- Automatisations avancées limitées sur le plan Basique
- Tarifs qui montent avec la taille (jusqu’à 199€/mois pour 6–15 salariés)
Tiime
Points forts
- Facturation gratuite illimitée
- Compte pro bancaire intégré
- Prêt pour la facturation électronique 2026
Incovénients
- Fonctionnalités avancées payantes
- Pas de gestion de stock native
- Aucune API publique
Zervant
Zervant est un logiciel de facturation pour freelances et petites entreprises, avec plan gratuit (5 clients/5 factures/mois), e‑factures et envoi postal selon quotas, et applications mobiles iOS/Android.
Points forts
- Plan gratuit: 5 clients et 5 factures/mois
- Applications mobiles iOS et Android
- E‑facture et envoi postal inclus selon quotas
Incovénients
- Gratuit limité (5 clients, 5 factures/mois)
- Envois premium contingentés par plan
- Frais sur paiements en ligne et virements
Sellsy
Points forts
- Suite CRM + facturation native, conforme RGPD et hébergée en France
- API REST v2 et intégrations, modules complémentaires (trésorerie)
- Applications mobiles iOS et Android pour les équipes terrain
Incovénients
- Tarifs qui augmentent selon les modules et le nombre d'utilisateurs
- Interface dense avec une courbe d'apprentissage pour les nouveaux utilisateurs
- Offres et options multiples pouvant complexifier le choix
MaCompta
MaCompta est un logiciel français de comptabilité et de facturation en ligne pour TPE, indépendants et associations : tarifs dès 8€ HT, modules à la carte (paie, immobilisations) et essai gratuit 30 jours.
Points forts
- 100 000+ utilisateurs en France, éditeur français
- Tarifs clairs : facturation dès 8€ HT, comptabilité 15,90€ HT
- Applications mobiles iOS et Android (compta, factures, notes)
Incovénients
- Modules avancés payants (paie, immobilisations)
- Fonctionnalités plus basiques que certains ERP
- Interface parfois datée
EBP Compta
EBP Compta : comptabilité TPE/PME avec synchronisation bancaire, rapprochements automatiques et TVA automatisée.
Points forts
- Synchronisation bancaire automatique
- Collaboration avec l’expert-comptable intégrée
- Rapprochement automatique des écritures
Incovénients
- Pas d’application mobile dédiée à la comptabilité
- Facturation en module séparé (pack ou Gestion Commerciale)
- Nombre d’utilisateurs limité selon l’abonnement
Evoliz
Evoliz est un logiciel de facturation français tout-en-un pour PME, avec CRM, stocks et comptabilité intégrés.
Points forts
- Certifié NF 203 et NF 525 (conformité fiscale)
- Facturation, banque, stocks et CRM intégrés
- Support client illimité et gratuit
Incovénients
- Fonctionnalités avancées réservées aux plans supérieurs
- Interface moins moderne que certains concurrents
- Peu de modules métiers spécialisés
Ciel
Ciel (Sage) simplifie la comptabilité, la facturation et la gestion commerciale des TPE‑PME en France, avec support local et conformité légale.
Points forts
- Marque Sage (Ciel) historique en France depuis 1986
- Comptabilité et facturation complètes pour TPE‑PME
- Support client et ressources en français
Incovénients
- Interface vieillissante
- Pas d'application mobile native
- Fonctionnalités cloud limitées
JLogiciels
JLogiciels est un éditeur français (depuis 2005) de solutions de gestion modulaires en SaaS : facturation, devis, caisse, stock et CRM pour TPE/PME et artisans.
Points forts
- Solutions sectorielles spécialisées
- 20+ ans d'expérience métier
- Personnalisation avancée
Incovénients
- Tarifs sur devis uniquement
- Moins connu que concurrents
- Interface à moderniser
MY.Facturation
MY.Facturation simplifie la facturation en ligne : devis, factures et clients en quelques clics, version gratuite et multi-utilisateurs sans surcoût.
Points forts
- Interface simple et claire
- Tarifs abordables TPE
- Fonctionnalités essentielles
Incovénients
- Fonctionnalités limitées
- Pas de CRM avancé
- Solution basique
QuickBooks
QuickBooks est le logiciel de comptabilité en ligne d’Intuit pour PME : facturation, rapprochement bancaire et tableaux de bord, simple et connecté.
Points forts
- Logiciel de comptabilité PME reconnu mondialement
- Écosystème d’intégrations riche
- Interface claire et applications mobiles
Incovénients
- Service et support en français limités (hors Canada)
- Fonctionnalités fiscales France non couvertes
- Mise en conformité locale selon pays à vérifier
Xero
Xero est un logiciel de comptabilité cloud pour PME : facturation en ligne, rapprochement bancaire automatisé et 1 000+ intégrations. 4,4 M+ abonnés dans le monde.
Points forts
- Rapprochement bancaire automatisé
- Écosystème de 1 000+ intégrations
- Utilisateurs illimités, collaboration facile
Incovénients
- Adaptation française limitée
- Conformité fiscale FR incomplète
- Support français limité
KPulse
KPulse est un logiciel français qui centralise CRM, devis et facturation pour les TPE/PME : suivez vos clients, créez et encaissez plus vite, automatisez vos relances. Essai gratuit 15 jours.
Points forts
- CRM + facturation intégrés : un seul outil pour piloter prospects, devis et factures
- Essai gratuit 15 jours : testez sans engagement avant déploiement
- Mobilité : applications iOS et Android pour travailler partout
Incovénients
- Fonctionnalités limitées : Moins d'options avancées que les solutions ERP complètes du marché
- Customisation restreinte : Options de personnalisation limitées par rapport aux logiciels sur-mesure
Keobiz
Keobiz est un expert-comptable en ligne qui allie la plateforme Pennylane et l’accompagnement d’un expert dédié pour piloter comptabilité, facturation et TVA des TPE/PME, dès 49,00€/mois.
Points forts
- Tarifs attractifs dès 49,00€/mois et création d’entreprise offerte.
- Accompagnement par un expert dédié, réactif et spécialisé par secteur.
- Outil Pennylane inclus : facturation, OCR, synchronisation bancaire, reporting.
Incovénients
- Tarifs finaux variables selon activité; devis nécessaire.
- Qualité de suivi parfois inégale selon le gestionnaire.
- Pas d’API publique ni d’app mobile Keobiz native (app Pennylane).
Dougs
Dougs est l’expert-comptable en ligne qui automatise votre comptabilité et vous accompagne au quotidien. Synchronisation bancaire, factures conformes et déclarations prises en charge, avec conseil illimité, dès 29€ HT/mois.
Points forts
- Conseil illimité et réactivité élevée des équipes.
- Interface simple (web + mobile) avec synchro bancaire.
- Tarifs transparents dès 29€ HT/mois, bilan et liasse inclus.
Incovénients
- Pas d’interlocuteur dédié sur les offres d’entrée.
- Moins adapté aux structures complexes ou secteurs spécifiques.
- Synchronisation bancaire parfois perfectible selon la banque.
Freebe
Freebe est le logiciel de facturation et de gestion pensé pour les freelances en France : devis et factures conformes, synchronisation bancaire, relances et déclaration URSSAF automatisées. Essai gratuit 30 jours.
Points forts
- Interface simple et rapide : devis/factures en quelques clics, préremplissage SIRET et TVA.
- Automatisations clés pour freelances : livre des recettes/achats, relances, déclaration URSSAF.
- Synchronisation bancaire (450+ banques) et paiements en ligne via Stripe.
Incovénients
- Pas d’application mobile native (iOS/Android retirées depuis 2023).
- Peu adapté au multi-utilisateurs et aux équipes.
- Rythme d’évolutions fonctionnelles perçu comme plus lent.
INFast
INFast est un logiciel français de facturation et de gestion commerciale pour indépendants, TPE et PME. Créez devis et factures, relancez les impayés, encaissez en ligne et facturez même hors connexion. Essai gratuit 30 jours.
Points forts
- Interface simple et prise en main rapide
- Mode hors ligne (PWA), facturation partout
- Support réactif 7j/7 et paiements en ligne
Incovénients
- Personnalisation des documents limitée
- Analytique et KPI perfectibles
- Pas d’app mobile native iOS/Android
Invoice Home
Invoice Home est un logiciel de facturation en ligne simple et abordable pour créer devis, factures et reçus en quelques clics, avec 100+ modèles et paiements Stripe/PayPal.
Points forts
- Interface ultra simple, prise en main immédiate.
- 100+ modèles de facture pro + logos gratuits.
- Plan gratuit et illimité à 9.00 $/mois, excellent rapport qualité/prix.
Incovénients
- Pas d’API publique ni d’intégrations avancées.
- Filigrane et plafond 1 000 $/30j sur le plan gratuit.
- Avis d’utilisateurs sur des annulations d’abonnement difficiles.
Comparaison détaillée
Axonaut 🏆
Invoice Home
INFast
Freebe
Dougs
Keobiz
Sinao
Kolirys
Noalyss
Swapn Compta
Qonto
DailyBiz
KPulse
Xero
QuickBooks
JLogiciels
MY.Facturation
Ciel
Evoliz
EBP Compta
MaCompta
Sellsy
Indy
Zervant
Tiime
Pennylane
Dolibarr
Henrri
Facture.net
Odoo
iTool
Sage Business Cloud Compta & Facturation
FreshBooks
OpenConcerto
EBP
Questions
fréquentes
Vous avez une question ? Nous avons sûrement la réponse.
Retrouvez ici les interrogations les plus courantes pour vous aider
rapidement, sans avoir à nous contacter.
Le régime auto-entrepreneur bénéficie d'obligations comptables simplifiées, mais un bon logiciel reste indispensable pour facturer proprement et suivre son activité. Pour les auto-entrepreneurs en 2025, Axonaut offre une solution complète qui va au-delà de la simple facturation avec CRM, suivi client et pilotage commercial intégrés.
La force d'Axonaut pour les auto-entrepreneurs réside dans sa capacité à professionnaliser leur gestion dès le départ. Devis, factures, relances, suivi des paiements et tableaux de bord sont centralisés dans une interface intuitive. Quand l'activité se développe et que le passage en société s'envisage, l'outil suit cette évolution sans migration nécessaire.
Indy (ex-Georges) s'est spécialisé sur les indépendants et auto-entrepreneurs avec une approche radicalement simplifiée. La synchronisation bancaire automatique catégorise les transactions, la déclaration URSSAF se prépare en quelques clics, et l'accompagnement pédagogique guide les novices. Prix très attractif pour ce segment.
Tiime et Freebe proposent des alternatives gratuites ou très accessibles parfaites pour démarrer. Pour ceux qui veulent rester sur du 100% gratuit, Henrri et Facture.net permettent de facturer sans limite et sans frais. Les solutions comme Pennylane ou QuickBooks conviennent aux auto-entrepreneurs qui anticipent une croissance rapide et veulent un outil scalable.
Les obligations comptables d'un auto-entrepreneur sont considérablement allégées par rapport à une société, mais certaines règles restent incontournables. Le livre des recettes constitue l'obligation principale : vous devez enregistrer chronologiquement toutes vos recettes en indiquant date, client, nature et montant.
Si vous vendez des marchandises, fournitures ou denrées, un registre des achats devient obligatoire en complément. Ce document liste vos acquisitions avec les mêmes informations que le livre des recettes. Un logiciel de comptabilité génère automatiquement ces registres à partir de vos saisies.
Les factures doivent respecter des mentions obligatoires : numéro unique et chronologique, date, identité des parties, désignation précise, prix unitaire HT, et la mention "TVA non applicable, art. 293 B du CGI" si vous êtes en franchise de TVA. Un logiciel conforme intègre automatiquement ces mentions.
La conservation des documents pendant 10 ans est obligatoire : factures émises et reçues, livre des recettes, relevés bancaires. Un logiciel cloud sécurise cet archivage et vous protège en cas de contrôle fiscal.
Dès que vous dépassez les seuils de franchise de TVA (36 800€ pour les services, 91 900€ pour le commerce en 2025), vous devez facturer et déclarer la TVA. Votre logiciel doit alors gérer cette transition.
Choisir son logiciel comptabilité quand on est auto-entrepreneur nécessite d'évaluer quelques critères simples. Votre volume d'activité oriente en premier lieu : facturez-vous 5 clients par mois ou 50 ? Avez-vous des dépenses professionnelles à suivre ?
Pour un auto-entrepreneur débutant avec peu de factures, les solutions gratuites comme Henrri, Facture.net ou Tiime suffisent amplement. Elles couvrent la facturation conforme et le livre des recettes sans frais. Parfait pour tester son activité sans engagement financier.
Si votre activité se développe ou que vous voulez professionnaliser votre gestion dès le départ, Indy ou Axonaut apportent des fonctionnalités précieuses : synchronisation bancaire, rapprochement automatique, préparation des déclarations, tableaux de bord. L'investissement de 10 à 30€ par mois se rentabilise en temps gagné.
L'accompagnement comptable peut faire la différence si vous êtes novice. Indy et Dougs proposent un support pédagogique et même l'accès à des experts-comptables pour les questions complexes. Rassurant quand on débute.
Anticipez aussi votre évolution possible. Si le passage en société se profile, choisir dès maintenant un outil capable de gérer cette transition (Axonaut, Pennylane, QuickBooks) évite une migration future.



































