Logiciel Comptabilité PME
Notre verdict en 30 secondes
Notre analyse de 8 solutions de logiciels de comptabilité PME révèle que la facilité de prise en main, l’automatisation comptable et la conformité fiscale font la différence. Axonaut arrive 1er pour son approche tout-en-un simple et rapide, Sage 100 prend la 2e place pour sa profondeur fonctionnelle et ses intégrations avancées, tandis qu’EBP Compta complète le podium avec son analytique fine et son suivi de gestion.
Classement
Logiciel Comptabilité PME
Axonaut
Axonaut est un logiciel de gestion tout-en-un français pour TPE et PME qui centralise CRM, facturation, comptabilité et gestion de projets dans une interface intuitive et accessible.
Points forts
- Solution 100% française tout-en-un : CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface intuitive et accessibles
- 32 000 utilisateurs et croissance rapide : adoptée par plus de 12 000 entreprises françaises
- Application mobile complète (iOS et Android) avec API pour intégrations avancées + MCP pour la connexion avec les LLMs
Incovénients
- Trop complet pour les micro-entreprises qui n'ont besoin que d'un seul module de gestion
- Fonctionnalités limitées pour les ETI et grands comptes nécessitant un ERP avancé
- Intégrations tierces moins nombreuses que les leaders internationaux du marché
EBP Compta
EBP Compta : comptabilité TPE/PME avec synchronisation bancaire, rapprochements automatiques et TVA automatisée.
Points forts
- Synchronisation bancaire automatique
- Collaboration avec l’expert-comptable intégrée
- Rapprochement automatique des écritures
Incovénients
- Pas d’application mobile dédiée à la comptabilité
- Facturation en module séparé (pack ou Gestion Commerciale)
- Nombre d’utilisateurs limité selon l’abonnement
Sage 100
Sage 100 : ERP modulaire pour PME alliant Comptabilité, Gestion commerciale, Facturation et Paie, conforme aux obligations françaises et pensé pour la croissance.
Points forts
- Suite modulaire PME éprouvée (Compta, Gestion co, Paie)
- Conformité française (FEC, DSN) et support local
- Intégration poussée avec processus métiers
Incovénients
- Interface datée par rapport aux ERP cloud récents
- Coût total élevé sur déploiements complets
- Paramétrage et maintenance nécessitant expertise
Cegid Quadra
Cegid Quadra est l’ERP cloud dédié aux cabinets d’expertise comptable : comptabilité, paie, facturation et GED intégrées, EDI et télédéclarations. Une plateforme 100% française pour automatiser vos flux et gagner en productivité.
Points forts
- Suite métier intégrée: Comptabilité, paie, facturation, GED et EDI pour cabinets d’expertise comptable
- Automatisation & intégrations: Collecte et imputation intelligentes, API (Cegid Data Access/File Exchange)
- Cloud managé + mobile: Hébergement Cegid Cloud et app QuadraBox pour travailler en mobilité
Incovénients
- Tarifs sur devis: Coût total potentiellement élevé selon modules et volumes
- Courbe d’apprentissage: Richesse fonctionnelle nécessitant formation
- Focalisé cabinets: Moins adapté hors expertise comptable
Sage Intacct
Points forts
- ERP cloud natif spécialement conçu pour la gestion financière avec des fonctionnalités avancées de reporting en temps réel
- Intégrations poussées avec API REST native permettant de connecter facilement vos outils métier existants
- Secteurs spécialisés avec des solutions dédiées pour le manufacturing et les entreprises de services
Incovénients
- Prix sur devis uniquement sans transparence tarifaire pour évaluer le coût réel avant démonstration
- Complexité nécessitant souvent un accompagnement pour l'implémentation et la formation des équipes
- Ciblage PME/ETI peut être surdimensionné pour très petites structures avec besoins comptables basiques
Pennylane
Pennylane est le logiciel de comptabilité français tout‑en‑un: facturation électronique, synchronisations bancaires, compte pro et cartes, pilotage de trésorerie en temps réel, collaboration native avec votre expert‑comptable.
Points forts
- Pilotage de trésorerie en temps réel
- Synchronisations bancaires et paiements intégrés
- Compte pro et cartes inclus pour centraliser les dépenses
Incovénients
- Automatisations avancées limitées sur le plan Basique
- Tarifs qui montent avec la taille (jusqu’à 199€/mois pour 6–15 salariés)
iPaidThat
iPaidThat automatise la précomptabilité des TPE/PME avec OCR des factures, synchronisation bancaire et facturation intégrée pour gagner du temps et réduire les erreurs.
Points forts
- Automatisation de la collecte et du traitement des factures
- OCR performant et nombreux connecteurs bancaires
- Adossé au Groupe BPCE, gage de pérennité
Incovénients
- Tarifs élevés pour très petites structures
- Interface parfois peu intuitive
- Forte dépendance aux automatisations
Tiime
Points forts
- Facturation gratuite illimitée
- Compte pro bancaire intégré
- Prêt pour la facturation électronique 2026
Incovénients
- Fonctionnalités avancées payantes
- Pas de gestion de stock native
- Aucune API publique
Indy
Indy est un logiciel français de comptabilité et de facturation pour indépendants, avec plan gratuit, synchronisation bancaire automatique et compte pro intégré.
Points forts
- Plan gratuit disponible
- Synchronisation bancaire automatique
- Compte pro gratuit intégré
Incovénients
- Fonctionnalités avancées payantes
- Conçu surtout pour indépendants
- Pas de service comptable humain intégré
MaCompta
MaCompta est un logiciel français de comptabilité et de facturation en ligne pour TPE, indépendants et associations : tarifs dès 8€ HT, modules à la carte (paie, immobilisations) et essai gratuit 30 jours.
Points forts
- 100 000+ utilisateurs en France, éditeur français
- Tarifs clairs : facturation dès 8€ HT, comptabilité 15,90€ HT
- Applications mobiles iOS et Android (compta, factures, notes)
Incovénients
- Modules avancés payants (paie, immobilisations)
- Fonctionnalités plus basiques que certains ERP
- Interface parfois datée
Evoliz
Evoliz est un logiciel de facturation français tout-en-un pour PME, avec CRM, stocks et comptabilité intégrés.
Points forts
- Certifié NF 203 et NF 525 (conformité fiscale)
- Facturation, banque, stocks et CRM intégrés
- Support client illimité et gratuit
Incovénients
- Fonctionnalités avancées réservées aux plans supérieurs
- Interface moins moderne que certains concurrents
- Peu de modules métiers spécialisés
QuickBooks
QuickBooks est le logiciel de comptabilité en ligne d’Intuit pour PME : facturation, rapprochement bancaire et tableaux de bord, simple et connecté.
Points forts
- Logiciel de comptabilité PME reconnu mondialement
- Écosystème d’intégrations riche
- Interface claire et applications mobiles
Incovénients
- Service et support en français limités (hors Canada)
- Fonctionnalités fiscales France non couvertes
- Mise en conformité locale selon pays à vérifier
Sage 100
Sage 100 : ERP modulaire pour PME alliant Comptabilité, Gestion commerciale, Facturation et Paie, conforme aux obligations françaises et pensé pour la croissance.
Points forts
- Suite modulaire PME éprouvée (Compta, Gestion co, Paie)
- Conformité française (FEC, DSN) et support local
- Intégration poussée avec processus métiers
Incovénients
- Interface datée par rapport aux ERP cloud récents
- Coût total élevé sur déploiements complets
- Paramétrage et maintenance nécessitant expertise
Xero
Xero est un logiciel de comptabilité cloud pour PME : facturation en ligne, rapprochement bancaire automatisé et 1 000+ intégrations. 4,4 M+ abonnés dans le monde.
Points forts
- Rapprochement bancaire automatisé
- Écosystème de 1 000+ intégrations
- Utilisateurs illimités, collaboration facile
Incovénients
- Adaptation française limitée
- Conformité fiscale FR incomplète
- Support français limité
Comparaison détaillée
Axonaut 🏆
Cegid Quadra
Sage Intacct
Xero
Sage 100
QuickBooks
Evoliz
MaCompta
Indy
Tiime
iPaidThat
Pennylane
Sage Business Cloud Compta & Facturation
Questions
fréquentes
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Pour une PME, le budget d’un logiciel de comptabilité PME doit couvrir l’abonnement, les éventuels modules (facturation, stocks, immobilisations), l’onboarding et le temps d’adoption. L’objectif est de maximiser l’automatisation (import bancaire, règles d’imputation, OCR) et la conformité TVA tout en restant simple au quotidien. Pour cadrer votre budget, partez de vos volumes (pièces/mois, banques, utilisateurs), de votre périmètre fonctionnel et de votre besoin d’intégrations (banque, paie, CRM). Les fonctionnalités clés à exiger sont celles qui réduisent les tâches manuelles et fiabilisent vos chiffres afin d’obtenir un meilleur retour sur investissement.
Points clés
- Automatisation comptable : import bancaire, rapprochements, règles d’imputation, OCR pour réduire la saisie manuelle.
- Facturation intégrée et conformité : devis/factures, e-facturation, TVA, liasses, archivage probant, mise à jour réglementaire.
- Intégrations : connecteurs banque, paie, CRM et exports normalisés pour l’expert-comptable.
- Pilotage : tableaux de bord, analytique simple (projets/centres de coûts), alertes de trésorerie.
Exemple concret
Une PME de services (20 personnes) qui centralise devis, factures et rapprochements bancaires retiendra un tout-en-un tel qu’Axonaut pour aller vite; une structure multi-entités avec processus avancés budgétisera plutôt Sage 100.
Le meilleur logiciel de comptabilité pour une PME en 2025 dépend de vos priorités. Dans notre comparatif, Axonaut arrive en tête pour son approche tout-en-un et sa prise en main rapide; Sage 100 excelle lorsque les besoins sont complexes et fortement intégrés; EBP Compta brille par son analytique fine et la comptabilité de gestion. Le bon choix est celui qui automatise vos flux, sécurise la conformité et s’intègre sans friction à votre écosystème, au meilleur coût total.
Points clés
- Axonaut (1er) : interface intuitive, facturation + comptabilité + CRM; idéal pour PME en croissance qui veulent standardiser rapidement.
- Sage 100 (2e) : profondeur fonctionnelle, multi-sociétés, circuits de validation; adapté aux organisations établies et secteurs exigeants.
- EBP Compta (3e) : analytique détaillée (projets/centres de coûts) et pilotage; pertinent si le suivi de marges prime.
Exemple concret
Une agence B2B choisira souvent Axonaut pour accélérer; un groupe multi-entités optera pour Sage 100; une PME industrielle privilégiant l’analytique retiendra EBP Compta.
Un logiciel de comptabilité PME centralise la facturation, les écritures, la TVA et le reporting financier pour fiabiliser vos chiffres et gagner du temps. L’outil idéal automatise la saisie, offre des intégrations bancaires et s’aligne sur la réglementation sans complexité inutile. Pour une PME, l’essentiel est d’obtenir un socle simple à déployer, évolutif et ouvert sur l’écosystème (paie, CRM, banque) afin de piloter la trésorerie et la performance au quotidien.
Fonctionnalités essentielles
- Automatisation & intégrations : import bancaire, rapprochements, règles d’imputation, OCR, exports normalisés vers l’expert-comptable.
- Conformité & facturation : e-facturation, TVA, liasses, archivage; génération de devis/factures cohérente avec le plan comptable.
- Pilotage : tableaux de bord, analytique par projets/centres de coûts, alertes de trésorerie, rapports clés (bilan, compte de résultat).
Exemple concret
Pour démarrer vite avec facturation + rapprochements bancaires, Axonaut offre une mise en route fluide; si vous priorisez une couverture comptable étendue, Sage 100 s’impose; pour un suivi de marges fin, EBP Compta est pertinent.














