Meilleur logiciel Facturation Agréé pour Micro-entreprise
Découvrez notre classement des meilleurs logiciels de facturation électronique pour micro-entreprises. Tous les outils présentés sont agréés PA/PDP et conformes à la réforme 2026.
Vous dirigez une micro-entreprise et cherchez un logiciel de facturation électronique adapté au régime micro-fiscal ? On a testé et comparé 8 solutions agréées PA/PDP avec gestion simplifiée.
Pourquoi ce comparatif pour les micro-entreprises ?
Le statut de micro-entreprise (anciennement auto-entrepreneur) offre une gestion simplifiée avec un régime micro-fiscal avantageux. Mais cette simplicité doit se retrouver dans vos outils de facturation.
Avec la réforme de la facturation électronique 2026, les micro-entreprises doivent s'équiper d'un logiciel conforme. La bonne nouvelle : plusieurs solutions sont spécialement conçues pour gérer les spécificités du régime micro (franchise TVA, abattement forfaitaire, seuils de CA).
On a testé 8 logiciels adaptés aux micro-entreprises, en évaluant leur gestion du régime micro-fiscal et leur facilité d'utilisation.
Notre méthodologie
Test de chaque solution en configuration régime micro-fiscal
Évaluation de la gestion de la franchise de TVA et des seuils
Test des fonctionnalités de suivi du chiffre d'affaires et alertes seuils
Vérification du statut PA/PDP sur le registre officiel de la DGFIP
Analyse du rapport qualité/prix pour les petits volumes
Test de la génération des déclarations URSSAF
Ce classement est établi en toute indépendance. Nous ne percevons aucune commission sur les ventes. Les éditeurs ne peuvent pas payer pour améliorer leur position.
Notre classement
Indy est un logiciel français de comptabilité et de facturation pour indépendants, avec plan gratuit, synchronisation bancaire automatique et compte pro intégré.
Points forts
Plan gratuit disponible
Synchronisation bancaire automatique
Compte pro gratuit intégré
Inconvénients
Fonctionnalités avancées payantes
Conçu surtout pour indépendants
Pas de service comptable humain intégré
Prix
Gratuit à 49.00€ HT/mois
Utilisateurs
Par entreprise, mensuel/annuel
Essai gratuit
14 jours
Support
Chat & Email
Points forts
Facturation gratuite illimitée
Compte pro bancaire intégré
Prêt pour la facturation électronique 2026
Inconvénients
Fonctionnalités avancées payantes
Pas de gestion de stock native
Aucune API publique
Prix
Gratuit (dès 17.99€ HT/mois)
Utilisateurs
Par entreprise mensuel
Essai gratuit
14 jours
Support
Chat & Email
Points forts
Factures, devis et utilisateurs illimités en version gratuite
Conforme anti‑fraude TVA et prête pour la facturation électronique 2026
Interface et support 100% français
Inconvénients
Pas d'application mobile complète (iOS "Henrri Pay" pour encaissement uniquement; pas d'app Android)
API privée, pas d'intégrations publiques (Zapier, webhooks)
Fonctionnalités avancées et e‑facture disponibles dans des offres payantes
Prix
Gratuit (offres payantes dès 17€ TTC/mois)
Utilisateurs
Freelances, auto-entrepreneurs, TPE de services et associations
Essai gratuit
14 jours
Support
Chat & Email
Autres alternatives à considérer
Pennylane
4.6
/5
Prix:
14€ - 79€/mois HT
Pilotage de trésorerie en temps réel
Synchronisations bancaires et paiements intégrés
Qonto
4.8
/5
Prix:
À partir de 9€/mois (HT)
Interface et support en français : Conçu pour le marché français, conformité locale
Facturation et comptabilité intégrées : Devis/factures, rapprochement automatique, export vers Sage, Cegid, Pennylane
Axonaut
4.6
/5
Prix:
À partir de 34,99 € HT/mois
Solution 100% française tout-en-un : CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface intuitive et accessible
320 000 utilisateurs et croissance rapide : adoptée par plus de 12 000 entreprises françaises
Sellsy
3.8
/5
Prix:
À partir de 29€/utilisateur/mois
Suite CRM + facturation native, conforme RGPD et hébergée en France
API REST v2 et intégrations, modules complémentaires (trésorerie)
Dougs
4.1
/5
Prix:
Dès 29 € HT/mois
Conseil illimité et réactivité élevée des équipes
Interface simple (web + mobile) avec synchro bancaire
Comparaison détaillée
| Logiciel | Prix | Users | Factu. | FR | Mobile | API |
|---|---|---|---|---|---|---|
 Indy 4.8 | Gratuit à 49.00€ HT/mois | Par entreprise, mensuel/annuel | ||||
 Tiime 4.8 | Gratuit (dès 17.99€ HT/mois) | Par entreprise mensuel | ||||
 Henrri 4.8 | Gratuit (offres payantes dès 17€ TTC/mois) | Freelances, auto-entrepreneurs, TPE de services et associations | ||||
Pennylane 4.6 | 14€ - 79€/mois HT | Par entreprise | ||||
Qonto 4.8 | 9€/mois (HT) | 600 000+ entreprises | ||||
Axonaut 4.6 | 34,99 € HT/mois | 1 inclus (+29,99 €/user) | ||||
Sellsy 3.8 | 29€/utilisateur/mois | 2 utilisateurs minimum | ||||
Dougs 4.1 | Dès 29 € HT/mois | 37000+ entreprises |
Notre conseil
Pour une micro-entreprise, Indy est idéal : il gère parfaitement le régime micro, calcule vos cotisations URSSAF et vous alerte en cas de dépassement de seuils. Tiime et Henrri sont d'excellentes alternatives gratuites.
Questions
fréquentes
Retrouvez ici les réponses aux questions les plus fréquentes.
Sources
Dernière vérification : 05/02/2026
- 1Liste officielle des PA/PDP
DGFIP - Registre officiel
- 2Le régime micro-entreprise
Ministère de l'Économie
- 3Seuils micro-entreprise 2026
Service-Public.fr
Comment choisir ?
Le choix du logiciel dépend de votre activité et de vos besoins spécifiques en tant que micro-entrepreneur.
Critères essentiels pour micro-entreprise
Points d'attention